数码印花技术的出现与不断完善，给纺织印染行业带来了一个全新的概念，与传统印花相比有一定的优势，但是作为一个新的技术，它本身不可避免的也存在问题：
1、印花速度慢。一般情况下，印花工厂可每分钟以几米至几十米的速度印花，但喷墨印花却是一米几分钟，所以印花速度较低。
2、印花机的设计要求高，成本高，喷嘴寿命问题难以解决。
3、喷墨印花织物需进行印花前处理，使织物达到喷墨印花所需要求。
4、目前油墨价格昂贵，适应性有限。
5、对油墨的要求高，油墨研制困难。
但是，制约喷墨印花发展的仍然是生产成本。据有关报道，喷墨印花织物每生产lm的加工成本估算为油墨1.3(马克)，设备折旧1.7（马克)，能源及保养0.94(马克)，人工费1.70(马克)，总计4.64(马克)，油墨约占成本的28%。
在应用上也有具体问题。数码喷墨印花技术具有许多传统印花技术无法比拟的优点，成衣裁片数码喷墨印花不仅可以印刷网版印花无法印刷的高精细度花型图案，还无需绷网制版等一系列工艺，对于花样的修改也非常容易。还降低了印花成本，又缩短了交货周期。尽管如此，仍然面临着一些需要解决的问题。
1、裁片定位问题。
2、过去，大多数厂家都是使用染料墨水直接在布面打印来实现数码印花，需要一套复杂的前、后处理工艺，这对成衣裁片来说显然是不适宜的。最可行的办法是用颜料（涂料）直接打印后，通过简便的烘即可完成固色。
3、对于中深色的成衣裁片来说，直接打印无法再现原有图案的色彩和效果，因为当时喷印机所使用的墨水均无遮盖底色的功能作用，只能采用热膜转印的办法，即通过粘着剂将遮盖层和花型图案黏着在衣服上从而再现原有图案效果。