太湖蓝藻大规模暴发造成无锡市民生活用水困难，再次敲响了太湖生态环境恶化的警钟。中国科学院南京地理与湖泊研究所对太湖生态环境状况长期研究的结果显示：工业污染增加、农业面源污染扩大、城市生活污水直接入湖和渔业养殖规模急速扩张是造成太湖水环境恶化的主要原因。

   在最近的20年中，太湖地区经济高速发展。自上世纪80年代末以来，化工业作为太湖地区的支柱产业，发展迅速，大大小小的化工、电镀、印染等企业遍布太湖周边地区。

    目前，21条主要环太湖河流出入湖断面水质达标率仅为61.9%，45条主要河流交界断面水质达标率仅为53.3%。太湖流域的工业污染主要集中在纺织印染业、化工原料及化学制品制造业、食品制造业等领域。其中纺织印染业的COD(化学需氧量)排放量最大，占重点工业企业COD排放量的61%，总磷排放量占重点工业企业总磷排放量的41%；化工原料及化学制品制造业的氨氮排放量占重点工业企业氨氮排放量的38%；食品制造业的氨氮排放量占重点工业企业氨氮排放量的26%。虽然近年来太湖流域实施达标排放，但由于经济高速发展，污染排放量迅速增加，现有的控源截污措施已经无法满足既定的污染源控制目标。

    而随着产业转移加快，一些污染严重、技术含量低的工业企业转移到了监管相对薄弱的农村，大量工业污染沿着河网进入太湖，排入的污染物远大于环境容量，最终导致了这次蓝藻大规模暴发。